Продолжение ролевой игры Fullmetal Alchemist, основанное на известном аниме-сериале. Вместе с двумя главными героями вы попадаете в волшебный мир алхимии. История начинается в городе Лиор, который два брата Эдвард и Альфонс посещают в первой части. После раскрытия тайн культа, братья подвергаются нападению странных существ. Тем временем, ужас охватывает всю страну — начинают бесследно пропадать люди. Чтобы узнать, кто стоит за всем этим, братья отправляются к руинам Сисма-Сида, древней столице цивилизации Лебис.